Sempre que um produto químico é usado para produzir a mortalidade microbiana, existe a possibilidade de promover a resistência. Isso ocorre porque nem todos os micro-organismos são mortos.

Uma redução de 5 log (99,999%) ainda significa que de 1.000.000 de micro-organismos presentes, 10 sobreviveram, embora o processo tenha reduzido a população para o que pode ser denominado um nível seguro. O sanitizante poderia não ter tido contato com estes 10 organismos ou eles poderiam ser imunes. Se estes 10 micro-organismos são de fato imunes, ao longo do tempo eles vão proliferar, e a concentração sanitizante usual ou produto químico não produzirá mais mortalidade aceitável. Neste momento, devem ser tomadas medidas para desinfectar as superfícies em questão. Em seguida, é necessário avaliar quais micro-organismos estão presentes para que o desinfetante adequado com a concentração adequada e o tempo adequado sejam mantidos.

Às vezes, pensa-se que está ocorrendo resistência bacteriana quando na verdade os micro-organismos estão evitando o contato com o produto químico sanitizante porque há presença de biofilme. Biofilmes são polissacarídeos que conseguem se depositar em quase qualquer superfície. Bactérias como Escherichia coli, Salmonella spp., Listeria spp., Campylobacter spp. e várias outras podem produzir biofilmes. Ao longo do tempo, o filme se torna mais complexo e pode conter diferentes espécies de bactérias, produzindo uma fonte constante de contaminação.