Siempre que se utiliza una sustancia química para producir mortalidad microbiana, existe la posibilidad de promover la resistencia. Esto se debe a que no todos los microorganismos mueren.

Una reducción de 5 logaritmos (99,999%) todavía significa que de 1 000 000 de microorganismos presentes, 10 sobrevivieron, aunque el proceso ha reducido la población a lo que se puede denominar un nivel seguro. El desinfectante no pudo haber tenido contacto con estos 10 organismos o podrían ser inmune. Si estos 10 microorganismos son realmente inmunes, con el tiempo proliferarán y la concentración o el químico desinfectante habitual ya no producirá una mortalidad aceptable. En este momento, se deben tomar medidas para desinfectar las superficies en cuestión. Entonces es necesario evaluar qué microorganismos están presentes para que se mantenga el desinfectante adecuado con la concentración adecuada y el tiempo adecuado.

A veces se piensa que la resistencia bacteriana está ocurriendo cuando, de hecho, los microorganismos evitan el contacto con el producto químico desinfectante porque hay una biopelícula presente. Las biopelículas son polisacáridos que pueden depositarse en casi cualquier superficie. Bacterias como Escherichia coli, Salmonella spp., Listeria spp., Campylobacter spp. y varios otros pueden producir biopelículas. Con el tiempo, la película se vuelve más compleja y puede contener diferentes especies de bacterias, produciendo una fuente constante de contaminación.